В "Мегамозг против Синдиката рока" мы вновь встречаемся с героем, который некогда был злодеем, а теперь решает сыграть на стороне добра. После того как Мегамозг покинул свой путь разрушений, он стал супергероем и готов защищать родной город от всех угроз. Но, как это бывает, спокойная жизнь не длится долго: на горизонте появляется его старая команда — Синдикат рока, группа злодеев, с которыми когда-то он творил настоящий хаос. Однако Мегамозг не собирается встать на их сторону. Он решает использовать свои выдающиеся умственные способности, чтобы остановить своих бывших соратников и защитить Метро-Сити.

Задача оказывается не такой простой, как могло бы показаться. В борьбе с угрозами он сталкивается с глубже лежащими вопросами: что значит быть героем, когда граница между добром и злом порой исчезает? Мегамозг будет не только бороться за спасение города, но и пытаться разобраться в своей новой роли, ставя под сомнение собственные убеждения. Ведь, кто бы мог подумать, что бывший суперзлодей окажется тем, кто встанет на защиту мира?