Десять лет спустя после событий первого эпизода Галактическая Республика балансирует на краю разрушения. Сепаратисты, под предводительством графа Дуку, набирают силу, объединяя планеты и корпорации в мощное противостояние, которое угрожает даже самым стойким джедаям. В этот момент Верховный канцлер Палпатин, мастер манипуляций, не упускает шанс захватить еще больше власти. Он инициирует создание армии клонов, чтобы защитить Республику, но этот шаг, как вскоре окажется, приведет к последствиям, которые никто не мог предсказать.

Тем временем, юный джедай Энакин Скайуокер оказывается втянут в личную драму: он получает задание охранять сенатора Падме Амидалу, что, конечно, приводит к зарождению запретной любви. Параллельно мастер Оби-Ван Кеноби отправляется на расследование, которое раскрывает заговор, связанный с армией клонов. Все эти события запускают цепочку, которая приведет к Клоническим войнам — кровопролитному конфликту, который изменит судьбу Галактики. В этом эпизоде переплетаются интриги, предательства и масштабные сражения, создавая основу для одного из самых тёмных периодов в истории далекой-далекой галактики.

Третий год Клонических войн. Галактическая Республика стоит на грани гибели, поглощённая нескончаемыми боями между армиями клонов, подчинённых канцлеру Палпатину, и армиями дроидов графа Дуку. Джедаи отчаянно пытаются сохранить баланс и справедливость, но с каждым днём тьма всё глубже проникает в их ряды, подрывая основы мира. В это время Энакин Скайуокер, молодой рыцарь-джедай, оказывается в центре бурь, когда видения о смерти его жены, сенатора Падме Амидалы, начинают преследовать его. Страх за её жизнь становится его слабым местом, а это, как водится, на руку самому Палпатину.

Палпатин, манипулируя страхами и амбициями Энакина, постепенно выводит его на тёмную сторону. Он раскрывает свою истинную сущность, представляясь лордом ситхов — Дартом Сидиусом. Оказавшись под его влиянием, Энакин решает отвернуться от Ордена джедаев и принять сторону тьмы. Это решение приводит к катастрофическим последствиям: разрушению Республики, уничтожению джедаев и рождению Империи. Так начинается новый этап в истории Галактики, когда светлый Энакин Скайуокер уступает место страшному Дарту Вейдеру, и всё, что было, кажется теперь лишь тенью.