Когда Земля вновь оказывается под угрозой, «Люди в чёрном» — неприметные, но решительные защитники планеты, — сталкиваются с совершенно новым вызовом. Опасность уже не только с той стороны космоса, но и внутри их собственных рядов. Агентов отправляют на самые разные уголки Земли, чтобы остановить невидимого врага, угрожающего уничтожить всё. Но вот беда: предатель среди них делает миссию ещё более сложной.

Молодая новобранка М и опытный агент Эйч, казалось бы, представители разных поколений и подходов, вынуждены работать вместе, чтобы спасти планету и раскрыть шпионскую сеть, плетущуюся прямо в их рядах. Они должны доказать, что настоящие герои, даже столкнувшись с самыми непредсказуемыми угрозами, всегда найдут способ победить.