Томас Андерсон — геймдизайнер, который живёт в мире, где «Матрица» — это просто популярная серия игр. Но с каждым днём реальность становится всё более странной: видения, сбои, всё как будто не совсем правильно. Чтобы не сойти с ума, он регулярно посещает терапевта и принимает синие пилюли, чтобы заглушить тревогу. Но однажды всё меняется. Загадочная хакерша по имени Багз находит его и предлагает увидеть истину. Она как белый кролик, манящий в неизведанное, и Томас решает последовать за ней.

С этого момента всё меняется. Вновь столкнувшись с Матрицей, Томас должен вспомнить, кем он был на самом деле. И, как бы страшно это ни было, ему предстоит вновь встать на путь борьбы, чтобы раскрыть не только тайны прошлого, но и разгадать те, что ждут в будущем. И вот, он уже не просто игрок — он снова тот, кто должен спасти реальность.